La historia empieza bajo el mar con el narrador, contando que durante años los humanos y los pokémon han vivido en armonía durante mucho tiempo (por mientras que se oye una misteriosa voz de un pokémon).

El pokémon al escuchar una voces se despierta y rompe la capsula en la estaba, unos científicos que estaban ahí se sorprenden al ver al pokémon, mientras le explican a Mewtwo que es clonado de Mew (un pokémon extremadamente raro), Mewtwo piensa que es la sombra de Mew y se pregunta que va ser de el ya que los experimentos han terminado, los científicos le responden que apenas los experimentos están empezando,
Mewtwo al ver que los científicos no se preocupan por el, decide destruir el laboratorio y acabar con todos los científicos que están ahí (ya que piensa que ese no puede ser su destino).

Ya con el laboratorio en llamas y diciendo “soy el pokémon mas poderoso de todos incluso mas que Mew”. Aparece Giovanni(jefe del equipo Rocket) hablando con el sobre los tontos que fueron los científicos al verlo como un experimento, pero que el lo veía como un “socio” y que juntos podrían dominar el mundo.

Mewtwo le dice que no necesita su ayuda para eso, Giovanni le dice que conoce una técnica para hacerlo invencible, Mewtwo le pide le enseñe a usarla. Giovanni le pone una extraña armadura a Mewtwo, Mewtwo piensa q la armadura esta absorbiendo sus poderes, Giovanni le contesta q sus poderes están siendo enfocados y que aprenda a usarlos para cumplir su destino (Mewtwo se pregunta cual es su destino) Giovanni le responde que sea paciente y que su destino va estar claro.

Mewtwo empieza a ayudar al equipo Rocket (capturando pokémon y ganando batallas)
Después d un tiempo Mewtwo se vuelve a preguntar cual es su propósito, Giovanni responde que para servirle a el, Mewtwo enfurecido destruye la base del equipo Rocket y regresa al laboratorio que el había destruido, y decide acabar con todo aquel que se le imponga. Humano y pokémon por igual.Mientras tanto Ash Misty y Brock están tranquilamente cerca de un lago, mientras que Ash se “muere” de hambre, Misty se esta quejando de la pereza de Ash, Brock esta haciendo un delicioso guisado para “perezosos hambrientos” en ese momento aparece un entrenador retando a Ash a una batalla pokémon, Ash no lo piensa 2 veces y decide la batalla.

(en ese momento sale la canción de la serie)

El chico elige a un poderoso donphan y Ash elige a su confiable Bulbasaur, donphan parece muy fuerte pero Bulbasaur le lanza un poderoso rayo solar y acaba con el.
(Mientras que Mewtwo esta observando la pelea con un fearow que tiene una cámara colgada en el cuello a escondidas)

El siguiente pokémon que elige el chico es un poderoso machamp y Ash elige a Squirtle con el que acaba fácilmente con machamp con un rayo burbuja.

El chico se desespera y saca a 3 pokémon al mismo tiempo (venomoth, pinsir y golem) Ash los acaba con un solo ataque de Pikachu.

(Se acaba la canción de la serie)

Después de la victoria el molesto equipo Rocket los observan como de costumbre.

Mientras tanto en el laboratorio de Mewtwo se escucha una voz diciéndole que si le envía una invitación a esos entrenadores, manda a un dragonite a enviarles una carta, por mientras que nuestros héroes están comiendo lega Dragonite tirándoles toda la comida junto con ellos, Ash le dice que para la próxima vaya mas despacio, dragonite le entrega la carta, en la carta se ve la imagen de una chica diciéndoles que están invitados en una ceremonia para pelear con el mejor maestro de todo el mundo y que en lugar esta en isla nueva y que hay un ferry hacia haya, Misty le pregunta a Ash que si van, Brock emocionado les dice que si por que quiere conocer a la chica y Ash esta feliz por que el mejor maestro del mundo quiere retarlo a una batalla y le responden que si.

Mientras que Mewtwo con su poder psíquico empieza a hacer una tormenta.

Dragonita se va con la respuesta, en ese momento el equipo Rocket lo detiene para ver que les había entregado, y ven un papel con la palabra “si” señalada.

Mientras que Mewtwo sigue empeorando la tormenta. Nuestros héroes ya están en el muelle, donde van a tomar el ferry a “isla nueva”

en ese lugar a muchos entrenadores queriendo ir a isla nueva, pero el ferry fue cancelado por la feroz tormenta, una mujer les cuenta que hace mucho tiempo también hubo una tormenta que acabo con todo excepto algunos pokémon, y que los pokémon empezaron a derramar lagrimas que restauro las vidas perdidas en la tormenta, y que ya no habías lagrimas de pokémon, un chico le dice que para el no hay ningún problema por que todos sus pokémon son de tipo agua, la oficial Jenny le dice si sus pokémon se lastiman no podrán curarlos por que se cerro el centro pokémon (Ash le pregunta por que) la oficial le responde que la enfermera Joy desapareció y les dice que hay un letrero para la gente que la ha visto que le avise, Brock se acerca al póster y se le hace conocida la enfermera.

Sin hacerle caso a la oficial empiezan a sacar sus pokémon, para dirigirse a isla nueva. Ash planea hacer lo mismo, pero Misty le dice que no se va poder por que sus pokémon no son tan fuertes, en ese momento aparece e equipo Rocket disfrazados de vikingos y los llevan a isla nueva, la tormenta es demasiada fuerte y una enorme ola va contra el barco y les quita los disfraces al equipo Rocket, Ash y los demás se sorprenden, cuando el equipo Rocket empieza a decir su lema la tormenta los tira, ya en el agua Misty saca a Staryu, mientras que Brock esta pidiendo ayuda y Misty lo salva, en ese momento encuentran a Ash y a Pikachu, la tormenta parece demasiado fuerte, pero logran llegar a la isla de Mewtwo. Por mientras que Mew también esta llegando a la isla.
Ya en el muelle de la isla la mujer que estaba en la carta los recibe, Brock al verla le dice que si no es la enfermera Joy del centro pokémon, ella le responde que siempre a estado al servicio de su amo, y les pide que la sigan.

Entonces aparece el equipo Rocket utilizando a weezing como salvavidas.

Ya en adentro del lugar la chica les pide que saquen a sus pokémon de sus pokebolas y que pronto sabrán las intenciones de su amo, y se cierra la puerta, ahí esta el equipo Rocket, preguntándose que tipo de fiesta se perdieron y Jessy insiste en entrar, James y Meowth le preguntan como le van hacer, y Jessy les señala una entrada a un desagüe. Meowth en ese momento Jessy siente algo en su hombro y al voltear no ve nada, Meowth y James le preguntan si esta bien y ella responde que sigan avanzando.
Ya adentro ven que hay otros 3 entrenadores mas y unos de ellos es Gary, Ash le pregunta como llego hasta la isla y le responde que fue por la ayuda de Pidgeot ya que esas tormentas son como brisas para el. También ven a un entrenador que tiene un poderoso gyarados, Ash se sorprende por que se necesita ser muy hábil para controlar un gyarados, y por últimos están los pokémon de una chica, de la nada las luces se apagan y la chica les esta presentando a su amo, y una extraña figura se ve que esta bajando.
Mientras que el equipo Rocket esta husmeando por el desagüe, Meowth siente algo extraño por la espalda y al voltearse no ve nada y queda confundido.

Por lo tanto la mujer presenta a Mewtwo ante todos y les dice que es el pokémon mas fuerte y el mejor maestro pokémon del mundo, al oír eso el entrenador de gyarados le dice que un pokémon no puede ser un maestro pokémon, Mewtwo sale a la defensiva y le dice que guarde silencio que el es el que pone las reglas, en ese momento Mewtwo habla al mismo tiempo que la chica, todos se sorprenden al ver que es psíquico, Mewtwo levanta al entrenador que se le revelo y lo manda a volar junto con sus pokémon de agua, el entrenador furioso le dice a gyarados que lance un hiper rayo pero Mewtwo se lo devuelve fácilmente, el entrenador preocupado va haber que le sucede a Gyarados, Mewtwo responde junto con la chica ”juego de niños” y la regresa a su estado normal, Brock al ver que es la enfermera Joy va a ayudarla, la enfermera Joy confundida se pregunta que paso y por que esta ahí, Mewtwo le dice que a borrado los recuerdos de su pequeño cerebro, Brock le pregunta quien es y que es lo que quiere, este le responde que el nuevo gobernante de la tierra, el maestro de los humanos y los pokémon.
Mientras tanto el equipo Rocket encuentra un laboratorio y ahí ven a 3 pokémon(Venusaur, Blastoise y Charizard) adentro de unos tubos, Jessy decepcionada de que no era una fiesta, se sienta en un botón y enciende una computadora ahí empiezan a ver imágenes de la creación de Mewtwo , de repente una maquina agarra a Meowth y lo lleva a una maquina, Jessy y James van a su rescate y la maquina alcanza a quitarle unos pelos de su cola, entonces ven en una pantalla la figura de Meowth, al voltear ven que otro Meowth aparece en uno de los tubos, asustados Jessy le dice que es el clon de Meowth, luego vuelven haber el video que había en la computadora y descubren que unos científicos crearon a Mewtwo por mientras que Mew también lo esta observando, y al oír que Mewtwo destruyo el laboratorio se preguntan quien lo reconstruyo.
Mientras tanto Mewtwo les dice a nuestros héroes que los humanos son una raza peligrosa que lo crearon para hacerlo su esclavo, y Brock le dice que si va a destruir a los humanos para salvar a los pokémon, este le responde que sus pokémon también van hacer destruidos, que esos pokémon no son mas que esclavos, Pikachu le dice que eso no es cierto y Mewtwo lo manda a volar junto con Ash, Mewtwo le dice que los humanos y los pokémon nunca podrán ser amigos, de repente Gary hace atacar a Rhyhorn contra Mewtwo, Mewtwo deja inmóvil a Rhyhorn con su poder psíquico y lo lanza contra una mesa Gary va haber si Rhyhorn esta bien, por mientras que Mewtwo les dice que es inútil que sus pokémon no pueden contra el, Ash enojado lo reta una batalla, Entonces los ojos de Mewtwo brillan y en el laboratorio que esta el equipo Rocket despiertan los pokémon que estaban en los tubos, al ver el equipo Rocket que se despiertan se asustan, los pokémon salen de cada tubo y se dirigen a donde esta Mewtwo (Mew también los sigue).

Mewtwo les presenta a sus 3 pokémon, el dice que comenzó con Squirtle Bulbasaur y Charmander pero para sus formas evolucionadas utilizo su ADN, al oír eso descubren que son clones, de repente una pared del palacio empieza a abrirse y hay un estadio, Gary enfurecido le dice que su Venusaur no va poder contra el de el, al igual la entrenadora de Blastoise, Ash saca a su Charizard pero al ver a Mewtwo lo ataca con un potente lanzallamas, Mewtwo lo desvanece con agua y le dice que Charizard esta mal entrenado.
Ya en el estadio empieza Gary contra Mewtwo, Gary le ordena un ataque de hojas navaja a Venusaur, y Mewtwo le ordena al suyo un látigo sepa, el Venusaur de Mewtwo desvía todas las hojas y agarra al Venusaur de Gary y lo manda a volar, Gary preocupado va haber que le pasa, La siguiente para enfrentar a Mewtwo es la entrenadora del Blastoise al cual le pide un ataque de hidrobomba, el Blastoise de Mewtwo lo vence con una envestida y lo manda a volar contra la pared, la entrenadora va haber si Blastoise esta bien, Misty asustada le dice a Ash que se retire por que esos clones son muy fuertes, Ash no piensa rendirse y le dice a Charizard que utilice su velocidad no su poder y vencerá, los Charizard tienen una feroz batalla en el aire, pero el Charizard de Mewtwo lo agarra y lo estampa contra el piso, Ash va ver si su Charizard esta bien, en ese momento Mewtwo reclama su premio(Mewtwo saca unas pokebolas negras) los pokémon de los entrenadores, le preguntan a Mewtwo que va hacer con esos pokémon y este les dice que les va sacar el ADN para hacer copias y que se quedaran en la isla mientras su tormenta destruye el planeta, Ash le dice que no se lo permitirán, Mewtwo les dice que no lo desafíen y manda a Ash contra Brock, entonces todos empiezan correr y tratan de salvar a sus pokémon para que no sean capturados, Ash desesperado se le ocurre la idea de meter a Squirtle y a Bulbasaur en sus pokebolas pero las pokebolas de Mewtwo los captura de todas maneras, Brock le dice a todos que olviden las pokebolas y que los carguen (Misty mete a Togepi a su mochila y no lo capturan) por mientras que a Brock le captura a Vulpix.

Ash al ver que Pikachu es el único que no a sido capturado por Mewtwo trata de salvarlo de las pokebolas oscuras, Pikachu sube por unas escaleras y Ash lo persigue, Pikachu hace todo lo posible por no ser capturado pero las pokebolas son demasiadas y hacen que Pikachu caiga, Ash sin pensarlo una vez se tira por Pikachu para salvarlo pero una pokebolas negra lo captura, Ash sigue la pokebolas negra hacia un agujero que es donde se están almacenando todas las pokebolas negras.
Ya adentro en el laboratorio de Mewtwo donde se están guardando todas las pokebolas, el equipo Rocket esta viendo todos los pokémon que están siendo clonados por medio de una pantalla, en ese momento oyen un golpe y ven que de la maquina sale Ash, Ash se levanta y agarra la pokebola que tiene a Pikachu, Ash es atrapado por una maquina que no deja que agarre a Pikachu pero por fin logra soltarse, al salir Pikachu de la pokebola ven que algo muy extraño esta pasando y empiezan a salir de sus capsulas los pokémon clonados, Ash se pregunta donde están los originales, en ese momento todos los pokémon capturados por Mewtwo son liberados.
Mientras tanto Mewtwo les dice a los otros entrenadores que se van a quedar en la isla hasta que su tormenta destruya el planeta, en ese instante aparecen los pokémon clonados, Mewtwo les dice que con los humanos y pokémon destruidos los clones van a dominar el mundo, en ese momento aparece Ash diciéndole que no se lo va a permitir, Mewtwo le dice que es inútil desafiarlo, Ash le responde que esto no va a terminar así y Ash va y lo ataca pero los poderes de Mewtwo, lo hacen hacia un lado, Ash sigue atacándolo hasta que Mewtwo lo manda a volar, de la nada aparece una gran burbuja evitando que Ash choque, y aparece Mew todos se preguntan cual ese pokémon, por mientras que Mew se pone a jugar con una burbuja, Mewtwo no lo piensa ni una vez e inmediatamente lo ataca, Mewtwo le empieza a decir a Mew que el superior a Mew y que no hay forma de vencerlo, entonces todos descubren que Mewtwo es el clon de Mew, entonces Mewtwo empieza a seguir a Mew por todo el lugar hasta que le da y este se lo devuelve con mucha facilidad.
Mewtwo algo molesto le dice que no tiene tiempo para juegos y lo reta a enfrentar a sus pokémon clonados contra los originales, Mew intenta razonar con Mewtwo pero no le hace caso y lanza un ataque que va directamente hacia donde esta Ash, entonces empieza la pelea entre los pokémon clonados y los originales, Ash se salva del ataque y corre a ver que pasa y ve que todos los pokémon están peleando sin ninguna razón (el único que no pelea es Pikachu), al ver eso las demás personas empiezan a comprender que pelear esta mal y que no los pokémon no deberían luchar de esa manera.

Mientras tanto el equipo Rocket también ve todas las luchas que hay y ellos entienden que no esta bien pelear, mientras que Meowth encuentra a su clon e iban a luchar pero ambos se detienen y empiezan a hablar sobre eso, por mientras que Pikachu esta siendo golpeado por su clon, Ash intenta rescatarlo ya después de haber pasado muchos obstáculos para llegar hasta abajo, Ash ya no puede seguir mas y Misty y Brock van a auxiliarlo.
Ash les dice que hay que detener a los pokémon y le contestan que no saben como por que lo único que quiere Mewtwo es demostrar que tan fuertes son sus clones, en un fuerte estallido entre Mew y Mewtwo, Ash al ver a todos los pokémon a punto de morir no lo piensa ni un segundo e interfiere en un poderoso ataque que habían hecho Mew y Mewtwo.

Al interferir en el ataque todo el cuerpo de Ash se vuelve roca, al ver eso Pikachu va ver si Ash esta bien al ver que Ash no contesta le empieza a lanzar impactruenos y aún así Ash no mueve ni un músculo, los demás pokémon al ver el sacrificio de Ash empiezan a soltar lagrimas, esas lagrimas empiezan a ir donde esta el cuerpo de Ash, Pikachu al ver que el cuerpo de Ash brilla se sorprende y saca una ultima lagrima la cual hace que Ash vuelva a la normalidad, por mientras Mewtwo entendió que no importa como nace uno sino que el destino es el que nos dice quienes somos.
En ese momento Mewtwo eleva a todos sus pokémon con su poder psíquico, Ash le pregunta hacia donde va ir y este le responde que algún lugar donde su corazón sepa lo que el suyo sabe y que lo que paso siempre lo recordara pero lo mejor para el sea olvidarlo.

Ya en la estación del ferry todos están preguntándose por que están ahí y Ash sugiere que comer, entonces se oye a la oficial Jenny diciendo que la tormenta ya se había acabado y todos salen para ver, y Ash es el único que ve a Mew y les comenta que al salir de pueblo paleta vio a un pokémon muy raro y que en ese momento vio a otro, por mientras que el equipo Rocket están en una isla desierta sin saber por que pero están felices de no a ver fallado otra vez.
Final:
Se ve Ash, Misty y Brock caminado por la playa, luego en una pradera, Luego pescando, después en la zona safari viendo a unos Tauros, luego en una cueva protegiéndose de la lluvia, después por un bosque y luego en la noche con sus sacos de dormir, luego en una fogata, después por otro bosque observando un arco iris.